দ্বীন ইসলামের হেফাজত, প্রচার-প্রসার ও বাতিলের মুকাবেলায় যেমন প্রয়োজন পর্যাপ্ত সংখ্যক হাফেজে কুরআন, ক্বারী ও আলেমে দীন, তেমনি প্রয়োজন কুরআন-সুন্নাহ তথা শরীয়তের সর্ববিদ্যা বিশারদ ও বুৎপত্তি সম্পন্ন দা’য়ী ইলাল্লাহ্। এধরনের যোগ্য ও পারদর্শী রিজাল তৈরীর লক্ষ্যে জামিয়ার শিক্ষা কার্যক্রমকে বিভিন্ন বিভাগে সাজানো হয়েছে। যথা :
ক. শিশুশ্রেণী ও নূরানী বিভাগ।
খ. নাযেরা বিভাগ।
গ. হিফযুল কুরআন বিভাগ।
ঘ. কিতাব বিভাগ। (বাংলা জামাত থেকে তাকমীল জামাত পর্যন্ত।)
গবেষণামূলক উচ্চতর শিক্ষালাভের জন্য রয়েছে :
ক. ইসলামী ফিক্হ ও ফাতওয়া বিভাগ। (মেয়াদকাল : দুই বছর।)
খ. তাফসীরুল কুরআন বিভাগ। (মেয়াদকাল : এক বছর।)
গ. আরবী ভাষা ও সাহিত্য বিভাগ। (মেয়াদকাল : এক বছর।)
এছাড়াও রয়েছে :
ক. গ্রন্থনা ও সংকলন বিভাগ।
খ. প্রকাশনা বিভাগ।
গ. কুতুবখানা।
ঘ. সর্বস্তরের জ্ঞান পিপাসু তালিবুল ইলমদের জন্য রয়েছে সুবিশাল সমৃদ্ধ পাঠাগার।
তালিবুল ইলমদের প্রতিভা বিকাশ ও অনুশীলনের জন্য রয়েছে বয়ান প্রশিক্ষণ ও দেয়ালিকা প্রকাশের ব্যবস্থা।