জামিয়ার ব্যবস্থাপনা সুষ্ঠু সুন্দর ও সুশৃঙ্খল করার লক্ষ্যে তিনটি পরিষদ রয়েছে:
১. মজলিসে শূরা
মজলিসে শূরা মাদরাসার সর্বোচ্চ ক্ষমতাসম্পন্ন পরিষদ। মাদরাসার পরিচালনা ও ব্যবস্থাপনার পূর্ণ ক্ষমতা এই পরিষদের উপর ন্যস্ত। মজলিসে শূরাই অত্র মাদরাসার ম্যানেজিং কমিটি।
জামিয়ার বিভিন্ন পদে গুরুত্বপূর্ণ দায়িত্বশীল নির্ধারণ, প্রয়োজনবোধে আইনকানুন সংযোজন বিয়োজন অথবা পরিবর্তন করন, মাদরাসার শিক্ষক ও মুলাযিমের পদ ও পদের কর্তব্য নির্ধারণ ও পরিবর্তন করন, মজলিসে আমেলার সিদ্ধান্তের বিরুদ্ধে অভিযোগ শ্রবণ এবং চূড়ান্ত মীমাংসা প্রদান, মাদরাসার অর্থ সংরক্ষণ, আয়-ব্যয়ের নীতি নির্ধারণ এবং বৎসর শেষে হিসাব অডিট করানো, নতুন কোনো বিভাগ খোলার সিদ্ধান্ত গ্রহণ ইত্যাদি গুরুত্বপূর্ণ সিদ্ধান্ত মজলিসে শূরা কর্তৃক গৃহীত হয়ে থাকে। আর এই মজলিসের সকল সিদ্ধান্ত চূড়ান্ত বলে বিবেচিত হয়।
২. মজলিসে আমেলা
জামিয়ার সকল চলমান ও সচল কার্যক্রম এবং ব্যবস্থাপনা ও নিয়ন্ত্রণ এ মজলিস কর্তৃক হয়ে থাকে। আবাসন নির্মাণ, খাদ্য ও পানির সুব্যবস্থা, অর্থনৈতিক আয়-ব্যয়, শিক্ষক-মুলাযিম নিয়োগ-বরখাস্ত, তাদের পদোন্নতি-পদাবনতি, বেতন-অযিফা নির্ধারণ ও প্রদান এবং দাপ্তরিক হিসাব-নিকাশের মত প্রতিষ্ঠানের গুরুত্বপূর্ণ দায়িত্বগুলো মজলিসে আমেলার উপর বর্তায়। এছাড়াও এ মজলিস শিক্ষাপরিষদ ও শিক্ষাকার্যক্রমের নিয়ন্ত্রণ ও নিরীক্ষণের খেদমত আঞ্জাম দেয়। এককথায়, মজলিসে শূরা কর্তৃক গৃহীত সিদ্ধান্তাবলীর প্রাতিষ্ঠানিক রূপ প্রদান করে মজলিসে আমেলা।
৩. মজলিসে ইলমী
জামিয়ার ঊর্ধ্বতন বিশিষ্ট পাঁচজন উস্তাদের মাধ্যমে গঠিত হয়েছে মজলিসে ইলমী। তালেবানে ইলম কীভাবে কুরআন হাদীস ও উলূমে ইসলামিয়ার সকল শাখায় পান্ডিত্য ও বুৎপত্তি অর্জন করতঃ ইলমের প্রকৃত ঘ্রাণে সুবাসিত হতে পারে এবং আমল-আখলাক ও নীতি-নৈতিকতায় উৎকর্ষ সাধন করে সকলের জন্য আদর্শ ও অনুসরণীয় হতে পারে-সেসব পথ-পন্থা ও কলা-কৌশল নিয়ে ফিকির করার গুরুদায়িত্ব পালন করে মজলিসে ইলমী। পাশাপাশি তালিবুল ইলমদের মধ্যে আল্লাহর জন্য জীবন উৎসর্গ করার প্রেরণা, দাওয়াত ও তাবলীগের ময়দানে নিবেদিতপ্রাণ-মনোভাব, দেশ, জাতি ও মানবতার কল্যাণে ত্যাগ স্বীকারের মানসিকতা ইত্যাদি উত্তম গুনাবলী সৃষ্টির লক্ষ্যে এ মজলিস সদা কর্মরত। বস্তুত, একজন তালিবুল ইলমকে খাঁটি মুসলমান ও আলেমে রব্বানীরূপে গড়ে তুলতেই এ মজলিসের পথচলা।