যে কোন শিক্ষা প্রতিষ্ঠানে গ্রন্থাগার একটি অপরিহার্য ও অবিচ্ছেদ্য অঙ্গ। বিশেষভাবে দ্বীনি শিক্ষা প্রতিষ্ঠানে এর গুরুত্ব ও প্রয়োজনীয়তা অপরিসীম। এ কারণে জামিয়া তার প্রতিষ্ঠালগ্ন থেকেই মানোত্তীর্ণ ও প্রয়োজনীয় গ্রন্থ সংগ্রহে অত্যন্ত গুরুত্ব দিয়েছে। তাই মহান আল্লাহ তাআলার ফযল ও করমে সীমিত সামর্থ্য সত্ত্বেও জামিয়ার গ্রন্থাগার অত্যন্ত সমৃদ্ধ। বর্তমানে জামিয়ার গ্রন্থাগারে তাফসীর, হাদীস, ফিকহ (ইসলামী আইন), সিরাত (রাসূল সাল্লাল্লাহু আলাইহি ওয়া সাল্লামের জীবন চরিত), রিজাল ও তারিখ (ইতিহাস), আদব (সাহিত্য), নাহু-ছরফ (ব্যাকরণ), লুগাত (ভাষা ও অভিধান), উছূলে হাদীস, উছূলে ফিকহ, উছূলে তাফসীর (শাস্ত্রীয় নীতিমালা), মান্তিক (যুক্তিবিদ্যা), হেকমত-ফালসাফা (দর্শন) সহ বিভিন্ন বিষয়ে একাধিক ভাষায় রচিত দেশী-বিদেশী বিশ লক্ষাধিক টাকার সহ¯্রাধিক কিতাব সংগৃহিত আছে। গ্রন্থাগারের জন্য আরো প্রচুর কিতাব প্রয়োজন। আল্লাহ তাআলা সহজ করুন, কবুল করুন। ভবিষ্যতে ইনশা আল্লাহ আমরা জামিয়ার সংগ্রহে থাকা গ্রন্থাদির তালিকা প্রকাশ করব। যাতে জ্ঞানপিপাসু তালিবে ইলমগণ উপকৃত হতে পারেন।
জামিয়ার গ্রন্থাগারকে তিন ভাগে বিভক্ত করা যায়।
১. কুতুবখানা: এই বিভাগ থেকে প্রত্যেক শিক্ষাবর্ষের শুরুতে তালিবে ইলেমদেরকে বিনামূল্যে দরসী কিতাব (পাঠ্যবই) সরবরাহ করা হয়। এবং পাঠদানের সুবিধার্থে আসাতিযায়ে কিরামকে সংশ্লিষ্ট শুরুহ-হাওয়াশী, লুগাত (অভিধান, টীকা ও ভাষ্যগ্রন্থ) প্রদান করা হয়।
২. দারুল মুতালাআ: দারুল ইফতা ও দারুত তাফসীরে অধ্যয়নরত গবেষক তালিবে ইলমদের জন্য নির্ধারিত গ্রন্থাগার।
৩. মাকতাবা: জামিয়ার প্রধান গ্রন্থাগার। এটি সকল তালিবে ইলমের জন্য উন্মুক্ত।
এছাড়া জামিয়ার দারুত তাসনীফকে কেন্দ্র করে একটি সুবিশাল সমৃদ্ধ গ্রন্থাগার গড়ে তোলার পরিকল্পনা রয়েছে । আল্লাহ তাআলা সহজ করুন, কবুল করুন। আমীন।